Смерть 67-летнего Годовикова подтвердил и директор актера Вячеслав Смородинов: «Да, скончался. Дня четыре назад я в последний раз у него был дома. У него был рак». Известно, что актер скончался в своей квартире, и его тело обнаружил тесть.
В последнее время Николай Годовиков практически не появлялся на телеэкранах — последние его роли были в сериалах «Тайны следствия», «Улицы разбитых фонарей», «Бандитский Петербург».